مؤسسه آموزش عالى اديان و مذاهب با اخذ مجوز رسمى از وزارت علوم، تحقيقات و فناورى به شماره 1619/22 مورخ 17/2/84 از طريق آزمون اختصاصى و از ميان طلاب حوزه هاى علميه سراسر كشور دارندگان سطح 2 حوزه در چهار رشته اديان ابراهيمى، اديان غيرابراهيمى، مذاهب اسلامى و تصوف و عرفان اسلامى اقدام به پذيرش دانشجو نمود. دليل برگزارى آزمون اختصاصى از ميان طلاب، اهميت و لغزنده بودن اين رشته ها بوده است.

در اين امتحان كه با اشراف و نظارت مستقيم نماينده سازمان سنجش برگزار شد و بيش از 400 نفر شركت كرده بودند 15 نفر در هر رشته كه جمعاً 60 دانشجو اعم از برادر و خواهر، در اين دوره پذيرفته شدند. اين دانشجويان تاكنون مطابق سرفصل هاى مصوب كه مؤسسه از قبل تهيه و به تصويب شوراى گسترش آموزش وزارت علوم رسانيده بود برنامه خود را آغاز كه تاكنون ادامه دارد. از اين تعداد دانشجو تعداد 8 نفر خواهر و 52 نفر از برادران حوزوى داراى سطح دو مى باشند.

در سال 85 نيز از طريق اخذ مجوز رسمى در چهار رشته قبلى و دو رشته جديد كه عبارت است از: دين شناسى و شيعه شناسى با گرايش كلام، اقدام به پذيرش دانشجو از ميان طلاب سطح دو حوزه هاى علميه نمود و از ميان حدود 300 نفر شركت كننده، در هر رشته 15 نفر از بالاترين معدل ها را پذيرش نمود. كه جمعاً تعداد 90 نفر و تعداد 14 نفر از آنها خواهر و 76 نفر برادرند.

مطابق آنچه اشاره شد مؤسسه آموزش عالى اديان و مذاهب با 35 عضو هيئت علمى تمام وقت تاكنون 150 دانشجو در رشته هاى فوق الذكر پذيرش نموده است.

اكنون در سال 87 ـ 86 نيز با اخذ مجوز رسمى از وزارت علوم تحقيقات و فنآورى براى پذيريش دانشجو در 8 رشته: 1. اديان ابراهيمى 2. مذاهب اسلامى 3. تصوف و عرفان اسلامى 4. دين شناسى 5. شيعه شناسى (گرايش كلام) 6. مطالعات تاريخ تشيع 7. فرق تشيع و 8. مذاهب فقهى، اقدام به پذيرش دانشجو مى نمايد

چند نكته قابل توجه است:

·         آزمون از اولين مرحله كار تا آخرين مراحل زير نظر مسؤلان وزارت علوم، اما بوسيله اعضاى هيأت علمى مؤسسه انجام شده است.

·     پذيرش در دو مرحله آزمون كتبى و مصاحبه انجام پذيرفته است كه 70% امتياز مربوط به آزمون كتبى و 30% امتياز آن مربوط به مصاحبه علمى ـ انگيزشى بوده است.

·     مواد امتحانى شامل دو بخش دروس مشترك و اختصاصى بوده است. دروس مشترك شامل: زبان انگليسى، زبان عربى، قرآن و حديث و فلسفه و كلام اسلامى بوده است و درس اختصاصى هر رشته نيز مطابق همان رشته از منابع و متون مربوطه بوده است. ضرائب دروس در رشته هاى مختلف متفاوت بوده است.

·     كلاس مطابق استاندارد و در هر ترم 16 جلسه درسى تشكيل مى شود. براى رعايت حال دانشجويان كه از طلاب مى باشند عمده دروس در بعداز ظهرها برنامه ريزى شده تا به برنامه درسى حوزوى آنها اخلال وارد نيايد.

·     اساتيد، عمدتاً از اعضاى هيأت علمى مؤسسه اند و برخى نيز از خارج از مؤسسه با اولويت داخل قم و سپس خارج از قم تأمين مى شود.

·     به رغم غيردولتى و غيرانتفاعى بودن براى تشويق طلاب و كمك به حوزويان وجهى دريافت نمى شود مگر كسانى كه از طريق مؤسسات بورسيه شده اند.